根据《计算机软件保护条例》规定，申请软件著作权登记需要提交以下材料：
资格证明：对于公司申请软件著作权，需要提供营业执照；对于个人申请软件著作权，需要提供身份证。
源代码：公司申请软件著作权时，必须提供源代码的60页，前后代码各连续30页。同时，地一页必须是程序的开始，z后一页必须是程序的结束。
说明书：需要提供至少十二页的设计说明书或者操作说明文档。
代理证件：如果是委托代理公司代为申请的，需要提供代理公司营业执照复印件。个人申请的话，要申请盖签字手印。
按要求填写的软件著作权登记申请表。
关于软件著作权登记申请周期，正常申请时间为2-3个月左右，如果需要加急办理，z快20个工作日左右可以完成。但请注意，加急办理可能需要额外的费用。
软著申请的退回率因各种原因而异。一些可能导致申请被退回的原因包括：
重复注册或重复提交相同的材料。如果完全相同的材料再次申请，甚至软件名称也相同，或者与他人或企业注册的申请材料相同，可能导致申请被退回。
质押中的软件用于变更或转让。除非质押终止，否则可能无法继续申请。
如果在补发证书时发现重复登记，也会导致申请被退回。
如果不能根据审查意见进行纠正，也可能导致申请被退回。
如果软件名称含有大IP或其他知m软件名称，且不能提供授权书，也可能导致申请被退回。
此外，一些非技术因素，如申请材料不完整或不符合要求、缺乏必要的证明文件等，也可能导致申请被退回。因此，在申请软著时，需要仔细检查并按照相关规定准备申请材料，确保申请材料的质量和完整性。
需要注意的是，虽然软著申请有一定的退回率，但是这并不意味着每个申请都会被退回。只要申请材料充分、完整、合规，并且没有遇到以上所述的问题，申请成功的可能性还是很大的。